肺炎链球菌是正常人咽部的常驻菌，尤其在冬春季节健康人的鼻咽部常可培养出肺炎链球菌。正常人的呼吸道大多有防止肺部感染的保护机制和咳嗽反射，所以一般肺炎链球菌不引起发病，当进入气道的细菌数量太大或者呼吸道的正常反应功能损害时，才能引起发病。
大多数的肺炎链球菌看病前有感冒的症状，很快出现寒战，咳嗽，胸痛，咯血痰等症状，体温上升到39到40摄氏度，呈稽留热，伴有头疼和乏力，肌肉酸痛等。百分之六十到八十的患者因为炎症波及胸膜出现严重的胸痛，胸痛随呼吸和咳嗽而加重，病变在下叶严重会波及横隔，表现为腹痛，甚至误认为急腹症。
90%的病例会有咳嗽，初期为干咳，进而出现咳少量黏痰，最后是脓性痰，有四分之三的患者痰中带血或呈铁锈色痰，铁锈色痰是由于渗出到肺泡内的红细胞破坏，释放出的含铁血黄素混于痰中而形成的。三分之一的病人或三分之二的儿童，病程早期有消化道的症状，恶心，呕吐，腹胀，腹泻等。
病变广泛时因肺泡的换气不足缺氧会引起气急，鼻翼煽动和紫绀，严重患者可有神志的改变。早期肺部的体征是不明显的，我们听起来病变部位呼吸音减低或者有少许的湿罗音，大片实变时叩诊呈浊音，触觉语颤是增强的，听诊可以听到支气管呼吸音和湿罗音。X线检查典型者可见到与肺段或者是肺叶一致的大片均匀的致密阴影，这个阴影在两到三周内完全消散。
