胃肠道出血应与咽下综合症,应激性溃疡,消化道畸形和感染引起的消化道出血,这些患儿无疑是血尿症,咽下综合症是新生儿出生时咽下母亲产道的血液或者带血的羊水等等,于出生后不久即发生呕吐,呕吐物呈棕色,也可能会有血便,但血量微,洗胃后可以止吐。
另外碱变性实验有助于鉴别母血及儿血,产生性的出血多发生于分娩的先露部位及出生后马上出现,但是需要注意产生,偶有可能与本病同时存在使出血加重,其他部位如脐部出血应与脐带结扎不剪,脐部感染或肉芽肿等所致的出血,阴道出血应与假月经鉴别,遗传性毛细血管扩张可在新儿早期发生消化道出血。