霉菌性阴道炎的治疗包含以下几点：
第一是消除诱因，及时停用广谱抗生素，雌激素类的药物，积极治疗糖尿病。
第二是单纯性的霉菌性阴道炎治疗。常采用唑类的抗真菌类药物，可分为局部用药和全身用药，局部用药可选用克霉唑试剂或者是咪康唑试剂或者是制霉菌素制剂，全身的治疗就对于未婚的妇女或者是不宜采用局部用药者可以选用口服的药物，常用的药物是氟康唑胶囊。
第三是复杂性霉菌性阴道炎。复杂霉菌性阴道炎包括重度的霉菌性阴道炎和复发性的霉菌性阴道炎，重度的霉菌性阴道炎是在单纯性霉菌性阴道炎治疗的基础上延长多一个疗程的治疗时间，用口服的或局部用药一日疗法的方案可以在七小时以后加用一次，若为局部用药是三到七日的方案可以延长为七到十四日。
第四是复发性霉菌性阴道炎。一年内有症状并且经过细菌学证实的霉菌性阴道炎发作四次或者以上称为复发性霉菌性阴道炎，治疗重点在于积极寻找并去除诱因，预防复发，抗真菌的治疗分为强化治疗和巩固治疗，强化治疗是在单纯性霉菌性阴道炎治疗的基础上延长多一个或两个疗程的治疗的时间，巩固治疗目前没有成熟的方案，可以口服氟康唑150毫克每日一次，连用六个月，也可以根据复发的规律每个月给一个疗程的局部用药连用六个月左右。
第五妊娠期的霉菌性阴道炎。以局部用药为主，以小剂量长疗程的为佳，但是不能口服唑类的抗真菌的药物，如果合并有宫颈糜烂，在阴道炎控制以后可以先做宫颈筛查，包括宫颈细胞学检查和hpv检测，必要时行阴道镜检查，根据检查的结果再决定进一步的治疗的方案。
