抗菌药物的选择有如下几种。
一：葡萄球菌败血症，因金黄色葡萄球菌能产生β类菌株已达到90%左右，故青霉素剂对其疗效很差，而第一代、第二代头孢菌素不同程度的抑制了β内酰胺酶作用，对其敏感的菌株可达90%左右，故现在常选用头孢唑林、头孢氨苄、头孢呋辛和头孢克洛等，也可选择喹诺酮类进行治疗，还可联合应用阿米卡星、庆大霉素，甲氧西林，金葡菌一般选用万古霉素，另外还可选择的药物包括利奈唑胺、达托霉素和替加环素等。
二：革兰阴性杆菌败血症，第三代头孢菌素对此类具有较强的抗活性，敏感率一般大于90%，第二代头孢菌素对66666大肠杆菌及肺炎杆菌也有抗菌活性，固对此类败血症可从第二代、第三代头孢抗生素中选一种，可与庆大霉素或者是阿米卡星联合应用；绿脓杆菌败血症是可选择派拉西林、他唑巴坦、头孢哌酮舒巴坦、头孢他啶、头孢吡肟或者是碳青霉烯类抗生素比较好，或将上药与氨基糖甙类抗生素联合应用疗效也好，左氧沙星、环丙沙星等喹诺酮类药物，包括绿脓杆菌在内的革兰阴性杆菌有较强的抗菌活性，且受外界影响较小，与其他抗菌药物未见交叉，副作用轻，临床上也被常常选用；厌氧菌败血症常混合细菌感染，选用时应兼顾兼性厌氧菌或者是需氧菌。
