大部分研究发现精神分裂症额叶皮层明显萎缩,但是由于对额叶的定位存在争议,况且从两维图像上也难以确定萎缩的程度,因此额叶萎缩的研究结论不一、对于精神分裂症颞叶皮层和髓质萎缩结论较为一致。有趣的是精神分裂症患者的脑萎缩在初次发病的患者就已经存在了。
对于精神分裂症患者的脑组织检查也未发现有神经胶质细胞增生的现象,大脑成熟后再受伤会出现神经胶质细胞增生。所有这些都提示精神分裂症的这些病理变化在大脑尚未成熱、没有任何精神病症状之前就已经发生了。
CT和MRII纵向研究发现,有些病人的脑萎缩并不随病程的延长而加重,但是确实也有的患者其脑萎缩随着病情的恶化而加重。这可能与精神分裂症类型不同有关。