孕激素典型的不良反应常见突破性出血、阴道点状出血、月经不规则、宫颈分泌物性状改变、乳房的肿痛、性欲的降低或者是性快感缺乏。长期使用可以使子宫内膜萎缩、月经减少、闭经,容易诱发阴道真菌感染。
对于男性偶见乳房发育、性欲降低、精子生成减少,导致男性不育,偶见体重增加、血钙血糖升高、高钙血症。
罕见的有心悸和心肌梗死、心动过速,体液潴留、水肿,并可以加重血栓性疾病的风险,包括血栓性静脉炎还有肺动脉栓塞。
常用的甲羟孕酮的作用比较强,没有雌激素的活性,炔孕酮口服是一种口服有效的孕激素,环丙孕酮抗雄激素作用比较强也有孕激素的活性。地屈孕酮是属于高选择性的孕激素没有雄激素雌激素,或肾上腺皮质激素的作用。屈螺酮是17阿尔法罗仔内脂与天然孕激素十分相似,还具有抗炎皮质激素的活性。