子宫内膜异位症的病机是瘀血内停，故治疗原则以活血化瘀为主。因本病发生与月经周期有关，治疗时尚需结合月经周期的不同体质分别论治。
一般经前以调气祛瘀为主，经期以活血祛瘀，理气止痛为主，经后以益气补肾、活血化瘀为主。中医可以分为以下几个证型：
（1）气滞血瘀证，可见经前、经行下腹胀痛、拒按，前后阴坠胀欲便，经血紫暗有块，块去痛减，腹中积块，固定不移，伴胸闷乳胀；舌紫暗有瘀点，脉弦涩。治疗是以理气活血，化瘀止痛为主，用隔下逐瘀汤加减。
（2）寒凝血瘀证，可见下腹结块，经前或经行小腹冷痛，喜温畏寒，疼痛拒按，得热痛减，经量少，色紫暗，或经血淋漓不尽，形寒肢冷，面色苍白；舌紫暗，苔薄白，脉沉紧。治疗以温经散寒，活血祛瘀为主。
（3）湿热瘀结证，可见下腹结块，平时小腹隐痛，经期加重，灼痛难忍，拒按，得热痛增，月经量多，色红或深红，质黏，带下量多，色黄质黏味臭，或伴低热绵绵，或经行发热；舌质紫暗，舌边尖有瘀斑、瘀点，苔黄腻，脉濡数或滑数。治疗以清热利湿，活血祛瘀为主。
（4）痰瘀互结证，可见下腹结块，婚久不孕，经前、经期小腹掣痛，疼痛剧烈，拒按，平时形体肥胖，头晕沉重，胸闷纳呆，呕恶痰多，带下量多，色白质黏，无味；舌暗，或舌边尖有瘀斑、瘀点，苔白滑或白腻。治疗以化痰散结，活血逐瘀为主
