手术治疗仍然是治疗肝包虫病的主要治疗手段，手术原则是清除内囊，防止囊液外溢，消灭外囊的残腔，预防感染。具体手术方法：
包囊的大小有无胆瘘和感染或者是钙化而决定，术中可以静脉滴注氢化可的松一百毫克，以防术中囊液溃入腹腔引起过敏性休克。手术方式需要依据有没有合并感染而定：
1，内囊摘除术，是临床上最常用的方法，适用于无感染的病例。切口一般选择在上腹包块冗起胶显著处，手术显露包除囊肿后，用湿纱布垫保护切口和周围的脏器，纱布垫上再铺一层浸有10%甲醛溶液的纱布，在没有胆汁泄露的情况下，再注入10%甲醛溶液，杀灭头节，五分钟后析出，如此反复二到三次，最后将囊内液体吸收干净。
2，外囊敞开术，突破包虫病以前治疗的一些禁区，它的适应症是完全内囊摘除和穿刺内囊摘除的单纯性包虫病；内囊变变性坏死或者是内囊退化，以及内囊钙化的肝包虫病；合并轻度感染坏死，而没有全身症状的肝包虫病；合并胆瘘经缝合修补，及有少量胆汁渗出的肝包虫病。
3，袋形缝合术，适用于已经有感染的囊肿。
4，肝切除术，这种方法能完整地切除，治疗效果最佳，
5，腹腔镜摘除术。腹腔镜手术治疗肝虫病是一种微创有效的方法，治疗效果比较好。
6，肝移植治疗。由于肝泡性包虫病临床发现都在中晚期，能达到根治性的切除病灶的病例也不到30%，晚期肝包虫病是肝移植的良好指征。
