潜伏期为两到四天,呈急剧发热,热多为低度或中等度热,偶尔可见高达四十摄氏度以上,甚至引起惊厥,热程大都两到四天,年龄较大的患儿可有咽痛,咽痛重者可影响吞咽,婴幼儿则表现为流涎,烦躁不安,有时伴有头痛,腹痛或肌痛,五岁以下小儿可有四分之一伴发呕吐,典型症状出现在咽部,表现为咽部充血。
起病两日内,口腔黏膜出现数个小的灰白色疱疹,周围绕有红晕,二到三日后,红晕加剧扩大,疱疹破溃形成黄色溃疡,此种黏膜疹多见于扁桃体前柱,也可位于软腭扁桃体上,但不累及齿龈及颊黏膜,病程一般为四到六天,部分手足口病患儿以疱疹性咽峡炎为首发症状,随后可在手掌,足底,臀部出现红色皮疹。