第一是药物治疗,采药物来对抗或者抑制卵巢的周期性内分泌刺激,最初使用睾丸酮类的行性激素,因为副作用比较大而且效力不够强已经逐渐地屏弃不用,后来逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。假孕疗法适用孕激素的药物更大的剂量不间断地长期服用,使得月经停止来潮,子宫内膜在药物作用下发生类似妊娠的反应所以又叫做假孕疗法,这类的药物主要由安宫黄体酮,普维拉等。假绝经疗法,丹那唑是一种雄激素的衍生物效果比较好但是有比较大的副作用,目前广泛使用的叫葛瑞林,他主要能非常强烈地抑制卵巢的功能时期几乎完全失去作用,从而达到治疗的目的,由于这种药物是一种长效的缓释制剂只需一个月皮下注射一次非常方便,能使子宫内膜产生类似绝经妇女内膜萎缩的现象所以称为假绝经疗法。
第二个常用的方法是手术疗法,一般认为卵巢上发声的巧克力囊肿病变体积往往比较大,或者发生在其他部位的子宫内膜异位结节,直径在2厘米上的,不应用药控制而需要手术治疗,或者经六个月甚至一年的药物治疗病情不见好转的,应该考虑手术切除,近年来腹腔镜的广泛应用已经使子宫内膜异位症的治疗有了一种新的选择,特别是在国外已经成为越来越广泛的治疗方案。