由于对多器官功能障碍综合症的病理过程缺乏有效的遏制手段，所以目前有相当高的死亡率，因此如何有效预防其发生是提高危重病人救治成功率的重要措施。
一、积极治疗原发病，无论是否发生多器官功能障碍综合症，为抢救病人的生命应积极治疗原发病，只有控制原发病才能有效防止和治疗多器官功能障碍综合症。
二、重点监测病人的生命体征，如果病人呼吸快心率快，应警惕发生心肺功能障碍，血压下降要考虑周围循环衰竭。
三、防止感染，外科感染是引起多器官功能障碍综合症的重要病因，防止感染对预防多器官功能障碍综合症有非常重要的作用，对可能感染或者已有感染的病人在未查出明确感染微生物之前，必须合理使用广谱抗生素或联合应用抗菌药物。对明确的感染病灶应采取各种措施使其局限化，只要可能应及时做充分的外科引流，以减轻脓毒症。
四、改善全身情况和免疫调理治疗，急症病人容易出现水电解质紊乱和酸碱平衡失调，外科病人常见的是：等渗性缺水、低渗性缺水和代谢性酸中毒，必须予以纠正，创伤、感染导致的低蛋白血症、营养不良也需要耐心纠正。
五、保护肠黏膜的屏障作用：有效纠正休克，改善肠黏膜的灌注，能维护肠黏膜的屏障功能，尽可能采用场内营养，可防止肠道细菌的移位。
六、及早治疗首先发生功能障碍的器官，多器官功能障碍多从一个器官功能障碍开始，连锁反应导致更多器官的功能障碍。治疗单个器官功能障碍的效果要胜过治疗多器官功能障碍，只有早期诊断器官功能障碍才能及早进行治疗干预、阻断多器官功能障碍的发展。
