病毒性腹泻潜伏期为三到十天,平均七天,发病者多为五岁以下儿童。临床表现与原状病毒胃肠炎相似,但病情较轻,病程较长,腹泻每天三到三十次,多为十多次,粪便稀水样,伴呕吐,偶有低热,部分患者同时可有鼻炎咽炎和气管炎等呼吸道感染症状,部分患者因腹泻、呕吐导致脱水,严重者因严重的失水和水电解质紊乱而死亡。
腺病毒41型感染腹泻,持续时间较长约为十二天。腺病毒40型感染腹泻持续时间较短,约为九天,但初期症状较重,通常持续两到三天而恢复正常,少数患者可延长至三到四周,极少数患者成为慢性腹泻,慢性腹泻可以导致营养不良影响正常发育。