对于外科手术后,坏死性小肠结肠炎可能会出一些感染性并发症,这些感染性并发症包括脓毒血症、脑膜炎、腹膜炎,偶尔也有腹腔内脓肿形成,产生的炎症反应可以导致凝血功能障碍或者弥散性血管内凝血、呼吸或者心血管功能缺陷以及代谢性并发症,例如低血糖和酸中毒,了解这些并发症,有助于进一步观察和治疗,更便于与家长进行沟通。
对于肠造瘘手术可能也会出现一些远期的并发症,远期并发症包括肠狭窄,大于30%接受内科或者外科治疗的此病患儿可发生肠狭窄,以及10%接受外科治疗的本病患儿发生短肠综合征,当坏死性小肠结肠炎病变肠管切除后,剩余功能性肠管不能充分吸收液体以及营养物质时,可发生短肠综合症。