术后并发症包括肠粘连和肠梗阻,肠切除、肠吻合术后针对吻合口可能出现的并发症,吻合口狭窄和吻合口瘘,肠道开放手术后可能造成的腹腔内感染。由新生儿肠闭锁的发生部位和严重程度相关的并发症,如术后的肠功能恢复延迟、功能性肠梗阻等。
有些病例甚至需要施行二次手术,和其他腹部手术一样,切口相关的并发症有切口出血和切口感染,由于新生儿的腹壁发育尚未完全,可能由于腹部手术后,腹腔内肠管蠕动尚未恢复,引起腹胀并可能导致切口裂开。如果出现切口全层裂开,表现为切口有淡血性的液体渗出,结果全层裂开需要再次手术缝合切口。