胃食管反流病的主要病理生理是,食管未连接处解剖和生理抗反流屏障被破坏,食管未连接处抗反流屏障的重要结构是食管下端括约肌,食管下端括约肌力位于,胃与肋交界线之上三至5厘米处。由于括约肌的作用,形成一个高压区,该处静息压为十五至30毫米汞柱,构成一个压力屏障,是防止胃内容物反流入食管的生理屏障。
食管下端括约肌压力过低,和府内压腹增高时管下端括约肌压力下降者,则可以导致食管反流病的发生,高脂肪饮食,酒精咖啡和吸烟等因素均可以导致食管下端括约肌功能障碍,女性黄体酮水平增高者,胃食管反流病的发生率也相应的增高,总体而言,胃食管反流病的发生率男性高于女性。