由于对短肠综合征代谢变化的充分认识，以及日趋成熟的营养支持治疗和促代偿措施，本病的治疗效果较以往已大为改善。在术后最初几天，首先需治疗的是由于严重腹泻而导致的脱水、低血容量、电解质紊乱及酸碱失调。根据生命体征、动脉血气分析及血电解质测定结果，确定静脉补充晶、胶体溶液量及电解质量。
若有代谢性酸中毒，应补充5％碳酸氢钠溶液以纠正之。待病人循环,呼吸等生命体征稳定后，则应尽早开始全肠外营养(TPN)支持，以补充病人所必需的营养物质，包括能量物质、蛋白质合成的原料、各种电解质及维生素等。目前的TPN已能满足机体的需要，并发症也不多,因此已被广泛应用。
病情渐趋稳定后，可以开始经口摄食。先以单纯的盐溶液或糖溶液，逐步增量。随肠代偿的过程，可逐步过渡到离碳水化合物、高蛋白、低脂肪、低渣饮食。经口摄食所不足的那一部分，仍需经肠外营养途径补充。
可选用专用于短肠综合征者的肠内营养制剂。有些特殊物质对小肠功能的代偿具有显著促进作用，如谷氨酰胺、短链脂肪酸、纤维素、生长激素及胰岛素样生长因子等，都已开始临床应用。
短肠综合征的手术治疗方面，小肠移植术虽被认为是短肠综合征最彻底的治疗方法，但由于移植术后严重的排斥反应至今尚难克服，因此目前还无法广泛用于临床，尽量避免过多切除小肠是预防断肠综合征发生的关键。
