如果是良性胃肠间质瘤,而且复发风险是低的可以不用药。中国胃肠道间质瘤诊断治疗专家共识推荐,对中、高危复发风险的胃肠间质瘤术后应进行辅助治疗。中危患者术后,可以给伊马替尼辅助治疗,时间应该长于一年。而对于高危患者,药物辅助治疗的时间至少要达到三年。初始治疗推荐剂量均为四百毫克每天。
一部分患者,会对伊马替尼耐药或者是继发耐药。原发耐药可能也C-Kit基因9号外显子突变、PDGFRA基因发生了突变或者是野生型基因表达有关。而继发耐药,主要是与C-Kit或者是PDGFRA基因的二次突变有关系。对于耐药的,可以加大用药尽量至六百毫克每天,最大可以达到八百毫克每天,或是选用舒尼替尼等二线药物治疗。