常见的不良反应是荨麻疹,无须停药,症状可以自行消失,可应用抗组胺药或糖皮质激素或者更换抗甲状腺药。其他不常见的不良反应还有关节痛、感觉异常、头痛、恶心、皮肤色素沉着以及脱发。药物热、肝炎、肾炎比较少见.抗甲状腺药的最严重不良反应是粒细胞缺乏。该不良反应与甲巯咪唑呈剂量依赖性。停药后,粒细胞缺乏是可逆的。粒细胞缺乏多发生在治疗的最初数周,也可能之后发生,喉痛或发热可能是该反应的先兆。因此,有必要经常检测白细胞。
药物性肝脏损害:肝脏毒性反应是抗甲状腺药物的另一种重要不良反应。甲巯咪唑和丙硫氧嘧啶肝脏毒性反应机制各不相同,因此,发生肝损害时可以慎重选用另一种药治疗甲亢。
中性粒细胞胞质抗体阳性的血管炎:丙硫氧嘧啶治疗时比甲巯咪唑治疗时更常见。其临床特征包括:急性肾功能衰竭、关节炎、皮肤溃疡、脉管炎性皮疹、上下呼吸道症状(包括鼻窦炎、咯血),通常停药后可缓解。严重病例则需要进一步治疗。