真菌多在土壤当中生长,孢子飞扬于空气中,可能被吸入到肺部引起肺部的真菌感染。比如曲霉菌、诺卡菌、隐球菌,还有荚膜组织胞浆菌。有些真菌为寄生菌,当人体免疫功能低下的时候会引起机体的感染,比如常见的念珠菌。它为口腔、皮肤、肠道以及阴道的寄生菌,而放线菌为口腔龋齿寄生菌。
体内其他部位真菌感染也可以循淋巴或血液到肺部,例如颈部颌下病灶中的放线菌,此类均为继发性肺部的真菌感染。另外静脉营养疗法的中心静脉插管,如果留置时间过长,高浓度的葡萄糖虽然不适合细菌生长,但是白色念珠菌能够生长引起白色念珠菌性中毒症。真菌孢子也极易被人体吸入而致敏,致敏机体再次吸入真菌物质,可以引起支气管哮喘的过敏性肺泡炎,病情迁延不愈。