根据肝脓肿的不同分类，其治疗方法也有所不同。
一、细菌性肝脓肿。
1、抗生素。对于急性期肝局限性炎症，脓肿尚未形成或多发性小脓肿，应积极的内科保守治疗。在治疗原发病灶的同时，使用大剂量的抗生素和全身支持疗法，控制炎症，促进炎症的吸收。
2、抗生素加经皮穿刺引流。在全身使用抗生素的同时，对单个较大的肝脓肿可在B超引导下穿刺吸脓，尽可能吸尽脓液后注入抗生素，致脓腔内可以隔数日反复穿刺吸脓。也可置管引流脓液，同时并冲洗脓腔并注入抗生素，待脓腔缩小，无脓液引出后，再拔出引流管。
3、抗生素加外科引流。对于较大的肝脓肿，估计有穿破可能，或已穿破并引起腹膜炎、脓胸以及感染性肝脓肿或慢性肝脓肿。在全身应用抗生素的同时，应积极进行脓肿外科切开引流术。
4、抗生素加外科切除。对于慢性后壁肝脓肿和肝脓肿切开引流后，脓肿壁不塌陷，留有无效残腔或窦道长期流脓不愈合，以及肝内胆管结石合并左外叶多发性肝囊肿，且肝叶已严重破坏失去正常功能者，可行肝叶切除术。
二、阿米巴性肝脓肿、真菌性肝脓肿。阿米巴性肝脓肿及真菌性肝脓肿治疗，首先考虑内科保守治疗。全身使用抗阿米巴药物及抗真菌药物，其他治疗原则与细菌性肝脓肿基本相同。
