环孢素A的肾毒性分为功能性和器质性。其可能的机理是入球小动脉收缩,血管阻力增加,肾小球滤过率降低,功能性毒性多发生于术后一个月内,甚至术后立即出现少尿,血肌酐上升,一般减量或停药后可以恢复。
器质性病变多见于术后一个月以上,典型病变包括巨型线粒体、空泡、嗜酸性包涵体和细胞内钙化。
除了环孢素A的肾毒性以外还有一些其他的副作用包括肝脏毒性,它可以导致转氨酶升高或胆红素升高,严重者碱性磷酸酶也升高。
神经毒性最常见的是不自主手细微震颤,手掌和足底烧灼感也不少见,免疫抑制过度引起的病毒、细菌或真菌感染发生率没有硫唑嘌呤所致的高。
其他一些毒副作用包括多毛症,牙龈增生等。