绝大部分直肠肛管周围脓肿是由于肛腺感染引起的,肛腺开口于肛窦位于内外括约肌之间,因为肛窦开口向上呈一个口袋状,存留粪便容易引发肛道炎。
感染延及肛腺后会导致括约肌间感染,蔓延至直肠肛管周围间隙的疏松脂肪结缔组织,感染极易蔓延扩散,向上可以到达直肠周围形成高位的肌腱脓肿或者骨盆直肠间隙脓肿,如果向下达肛周皮肤可以形成肛周脓肿,如果向外穿过外括约肌可以形成坐骨肛管间隙脓肿,向后可形成肛管后间隙脓肿或者直肠后间隙脓肿。
以肛提肌为界将直肠肛管周围脓肿分为肛提肌下部脓肿和肛提肌上部脓肿,前者包括肛周脓肿,坐骨直肠间隙脓肿,后者包括骨盆直肠间隙脓肿,直肠后间隙脓肿以及高位肌腱脓肿。