肛周脓肿的治疗，包括非手术治疗以及手术治疗。
非手术治疗包括抗生素治疗、温水坐浴、局部理疗以及口服缓泻剂，或者液体石蜡，以减轻排便时疼痛。
手术治疗。脓肿切开引流是治疗直肠肛管周围脓肿的主要方法，一旦诊断明确及应切开引流。手术方式以脓肿的部位不同而不同，包括肛门周围脓肿切开引流术。可在局麻下进行，在波动最明显处，做与肛门呈放射状切口，不需要填塞以保证引流通畅。
如果坐骨肛管间隙脓肿，要在腰麻或者骶管麻醉下进行，在压痛明显处用粗针头先做穿刺，抽出脓液后，在该处做一平行于肛缘的弧形切口，切口要过长，可用手指探查脓腔。切口应距肛缘三到五公分，以免损伤括约肌，应置管或者放置油纱条进行引流。
如果是骨盆直肠间隙脓肿，切开引流术要在腰麻或者全麻下进行。切开部位因为脓肿来源不同而不同。脓肿向肠腔突出，手指在直肠内可触及波动。应在肛镜下行相应部位，直肠壁切开引流。同时切缘电凝止血。若经坐骨直肠间隙引流，日后易出现肛门括约肌外露。
源于经括约肌、肛瘘感染者，引流方式与坐骨肛管间隙脓肿相同。只是手术切口稍偏肛门后外侧，食指在直肠内做引导，穿刺抽出脓液后切开皮肤，皮下组织，改用止血钳分离。当止血钳触及肛提肌时，则遇到阻力。在食指引导下，稍作用力即可穿破肛提肌到达脓腔。若经直肠壁切开引流，易导致难以治疗的，肛管括约肌上瘘。
对于其它部位的脓肿，若位置较低，在肛周皮肤上直接切开引流，若位置较高则在肛镜下切开直肠壁引流。
