肛周脓肿手术后常见的后遗症包括：
第一、创面出血，出血的原因包括切口出血，在脓肿为急性炎症期组织充血水肿，切开后容易出血，还有就是脓腔壁渗血。除了局部炎症充血外，切开后脓腔内受压的血管，突然扩张容易出现渗血。如果有血管损伤也可以出现创面出血，在切开坐骨直肠间隙脓肿或者骨盆直肠间隙脓肿时顿性分离脓腔的纤维间隔，如果盲目使用暴力，误将血管撕开或者拉断易造成大出血。
创面出血的常见表现是切口出血和脓腔壁渗血，出血量一般不大，可见切口敷料被血液渗透或者更多。大出血除切口出血量大且迅速外，全身可有失血性休克的表现。
第二、常见的后遗症是形成瘘管，如果脓肿长期不愈容易形成瘘管，主要原因是脓腔未从底部向外愈合而皮肤先愈合。大部脓腔不能闭合而形成瘘管，表现为反复感染病轻度污染内裤，检查肛门部皮肤有瘘口，指向肛门方向有硬性条索，处理可行瘘管切开或者挂线疗法，防范措施是脓肿切开后注意不让皮肤首先愈合，而让脓腔肉芽从底部向外生长。
第三、常见的后遗症是直肠阴道瘘，可以是肛门直肠脓肿的并发症也可能是脓肿切开或者换药时的并发症，表现为阴道内流出粪便，直肠指诊在直肠阴道之间有一个通道。处理的方法，由于直肠阴道瘘大多在肛管直肠环平面以下，可切除瘘管。一期缝合瘘口或经肛门剔出上皮化的瘘管有厚的直肠粘膜瓣关闭缺损，同时应用有效的抗生素。
