引起细菌性肝脓肿的主要病原菌是:大肠埃希菌、克雷伯菌、链球菌、金黄色葡萄球菌、厌氧菌和真菌等。致病菌的种类和感染途径以及机体的状态有关。从胆道和门静脉进入的多为大肠埃希菌等革兰阴性杆菌和厌氧菌。
儿童肝动脉侵入的多为革兰阳性球菌,特别是金黄色葡萄球菌,肝脏创伤后和免疫受抑制的患者致病菌链球菌和葡萄球菌较为多见,雷柏菌、变形杆菌和铜绿假单胞菌,长期住院和使用抗生素治疗患者,发生细菌性肝脓肿的重要病原菌。
据文献报道,近年来,克雷伯杆菌感染导致的细菌性肝脓肿患者比例有增高的趋势,具体的原因还是建议型细菌的培养及药敏实验进行检查。