雷公藤常见的副作用包括刺激胃肠道黏膜,引起恶心、呕吐、上腹不适,甚至消化道出血,能够抑制骨髓的造血系统,使红细胞、白细胞、血小板减少,病人常常苍白无力,易发生感染,严重时甚至可诱发再生障碍性贫血,雷公藤还可引起胸闷、心悸、心律失常和心电图的改变,极少数病人可发生心源性休克,而危及生命。
雷公藤经过泌尿系统排泄,可以损伤肾脏,但是这种损伤是可逆的,雷公藤的皮肤黏膜反应发生率可达40%,常为色素沉着,皮疹、疱疹、口腔溃疡等,一般在停药以后可以消失,除此之外,还可有精神神经症状,对于青少年患者,雷公藤可以损害生殖系统,影响性腺的发育。