支气镜检查可能的并发症有麻醉药剂过敏、咯血、换气不足、缺氧、支气管喉头痉挛、气胸、发烧、菌血症或并发感染等。
根据报道单独支气管镜检查本身引起的气胸概率约为0.4%而出血率为0.2%,病死率0.03%左右。支气管肺活检引起的气胸发生率平均约为4%而活检导致小于五十毫升出血的概率约为2.1%,大体而言支气管镜是一种尚属安全的检查,可以帮助临床医师获取很多诊断及治疗上的信息。
检查过程一般有心电监护也可吸氧,医生会根据情况处理一切可能的意外,检查时间与是否需要活检以及活检的位置有关,一般半小时左右即可完成一例支气管镜的检查。