功能性消化不良常用的药物有抗酸药、抑酸药、促动力剂、胃黏膜保护剂、消化酶制剂等等。小部分的患者可能需要服用抗焦虑、抑郁药物。
抗酸剂,比如说氢氧化铝、铝碳酸镁等等。除了抗酸以外还能吸收胆汁,对伴有胆汁反流的患者可以选用。抑酸剂,目前广泛应用于功能性消化不良的症状,适用于非进餐相关消化不良中以上腹痛,烧灼感为主要症状者。常用抑酸剂包括H2受体拮抗剂和质子泵抑制剂两大类.
促动力剂包括多巴胺受体拮抗剂,如胃复安,吗丁啉,选择性五羟色胺受体激动剂,比如莫沙比利。助消化药如复方消化酶,益生菌制剂可以改善与进餐相关的腹胀、食欲不振等症状。