甲亢的并发症有的比较轻，也有的比较重，轻的就比如甲亢对于血液系统的影响，有可能导致白细胞降低，导致贫血，也有可能会影响到肝脏导致肝功能不全，引起消化道的症状食欲减退，甚至黄疸。但是这一方面相对来说治疗起来难度都不是特别大，白细胞降低，轻度的贫血也不会特别的严重，肝功能不全大多数都是比较轻的，但是也有重的。
除了血液系统和肝脏之外，甲亢还有可能会引起来眼睛的病变如浸润性突眼，是由于甲亢的特异性抗体，促甲状腺受体抗体攻击了眼睛的眼外肌，球后肌肉以及球后的结缔组织而导致的，如果一旦发生球后结缔组织或眼外肌的纤维化就会导致终身的突眼，甚至影响眼球的活动。
还有心脏的病变，心脏病变可以表现为心肌缺血，可以表现为心律失常，也可以表现为心脏扩大，甚至心功能衰竭。如果说甲亢持续时间短基本上都是可逆的，但是如果甲亢时间过于长结构已经发生不可逆改变，不管是心律失常，还是心脏扩大，还是心功能不全或者心力衰竭都有可能会持续伴随。
除此之外，甲亢的并发症还可能会有甲亢相关的肌肉病变，表现就是近端肢体无力，在甲亢治疗之后大多数都是可以缓解的。甲亢的低钾周期性麻痹，突然的软瘫也跟甲亢有关系。
最严重的急性并发症就是甲亢危象，甲亢危象就会出现突然的体温升高，心功能的异常，心率的严重增快，甚至发生意识障碍，甲亢危象是可以危及生命的。
