复方氟米松软膏主要用于治疗脂溢性皮炎、接触性皮炎、异位性皮炎、局限性神经性皮炎、寻常型银屑病、扁平苔癣，以及掌跖角化过度症。用药时需要注意的一些问题，第一点，本品是一种外用软膏制剂，用药前先洗净双手，然后将本品薄薄的涂在患处，并缓和的按摩一会儿。如果需要，患处可以遮盖有孔的纱布。根据症状的轻重，每天1到2次。对于慢性皮肤病，不要突然停止治疗，涂量需要逐步的减少，并以缓和剂代替，或改用轻效的药物。第二点，儿童用药连续使用不能超过两周，两岁以下的儿童使用不能超过7天，小儿用药时需要注意其副作用。
第三点，氟米松软膏不能用于皮肤的病毒感染，比如水痘、接种疫苗后引起的皮疹、单纯疱疹、带状疱疹，也不用于细菌感染、真菌感染、牛痘、梅毒、皮肤结核、红斑痤疮，口周围皮炎以及寻常痤疮。第四点，当长期用药，大面积用药，封闭用药或用于皮肤较薄的部位，比如面部、腋下，会导致毛细血管扩张、紫癜或类固醇痤疮。所以大剂量用于大面积皮肤或封闭使用时，需要定期进行医学监测，尽量避免长期用药或用于面部。第五点，治疗过程中，如果产生严重的刺激性或致敏性，应该停止用药。本品不用于皮肤有渗出液的部位，也不用于黏膜部位。第六点，对于严重肾衰竭的病人，避免反复大面积用药，运动员要慎用。
