第一，如果甲亢长期得不到治疗，可以发生甲状腺功能亢进性心脏病。甲亢性心脏病可以有多种表现，包括心肌缺血、心律失常、心功能衰竭，最严重的后遗症就是心力衰竭。心肌缺血在甲亢治疗之后一般都是能得到完全缓解的；但心律失常是有可能遗留的，如果甲亢性心脏病持续时间过长，导致心脏结构改变，心律失常有可能会遗留为后遗症；而心功能衰竭也是跟甲亢的时间或者甲亢性心脏病的时间有关系，如果持续时间过长有可能会遗留心功能不全。
第二，眼睛相关的并发症叫做甲状腺浸润性突眼，只有特定的疾病Graves病，也叫弥漫性毒性甲状腺肿的患者才有可能会发生，而且不是所有人都会发生。但是一旦发生甲状腺浸润性突眼治疗难度会比较大，有很多甲状腺浸润性突眼患者因为没有得到及时的治疗会遗留双眼突出、眼球活动障碍，甚至视力受到终身的影响，还有可能会失明。
第三，甲亢相关的并发症还有肌肉病变，表现是近端肢体无力，一般甲亢治疗之后都会得到明显的缓解。
还有一个表现叫做低钾周期性麻痹，低钾周期性麻痹不是甲亢的后遗症，但是因为甲亢会复发，所以低钾周期性麻痹可能会伴随甲亢复发而再次出现，而低钾周期性麻痹一旦发生症状会比较明显和突出，可能会导致全身突然软瘫。
