甲硝唑胶囊用于治疗肠道和肠外阿米巴病，还用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病感染等，还广泛用于厌氧菌感染的治疗。用法用量，一、成人常用量，肠道阿米巴病，一次2到3粒，一日3次，疗程7日。肠外阿米巴病，一次3到4粒，一日3粒，疗程20日。贾第虫病，一次2粒，一日3次，疗程5到10日。麦地那龙线虫病，一次1粒，疗程7日。小袋虫病，一次1粒，疗程5日。皮肤利什曼病，一次2粒，一日4次，疗程10日，间隔10日后重复一疗程。滴虫病，一次1粒，一日4次，疗程7日。厌氧菌感染，口服，每日3到6粒，分3次服，7到10日为一疗程。
二、小儿常用量，阿米巴病，每日按体重35到50毫克每千克，分3次口服，10日为一疗程。贾第虫病，每日按体重15到25毫克每千克，分3次口服，连服10日。厌氧菌感染，口服，每日按体重20到50毫克每千克，孕妇及哺乳期妇女禁用。目前尚未进行儿童及老年人用药实验，且无可靠参考文献，不良反应包括消化道反应。如恶心、呕吐等神经系统症状有头痛、眩晕等。少数病例发生麻疹、潮红、瘙痒、膀胱、排尿困难，口中金属味及白细胞减少等均属可逆性。停药后自行恢复，有活动性中枢神经系统疾患和血液病者禁用。
注意事项包括，一、对诊断的干扰，本品代谢产物可使尿液呈深红色。二、原有肝脏疾患者剂量应减少。三、本品可抑制酒精代谢，用药期间应戒酒，饮酒后可能出现腹痛、呕吐、头痛等症状。本品能增强华法林等抗凝药物的作用与土霉素合用，可干扰甲硝唑清除阴道滴虫的作用。
