治疗肠胃炎应禁食,纠正水电解质紊乱,通常患者只需卧床休息,并饮用足够的水和口服补液盐溶液即可,即使是呕吐的患者也要尽量多饮水,哺乳期的婴儿应继续哺乳。如果呕吐和腹泻持续时间较长,会有严重的脱水,有必要进行静脉补液,呕吐剧烈时可加用止吐药,如果腹泻时间持续超过24到48小时,并没有迹象表明有更严重的细菌感染,可加用止泻药。
通常儿童不建议使用止吐药和止泻药,由于抗生素会引起腹泻,促进耐药菌的生长,即使胃肠炎的致病菌已经明确,抗生素通常也不建议使用。但是某些病原菌如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等感染,或者患者有旅行者腹泻,可以使用抗生素,对于病毒感染所致的胃肠炎,抗生素并无效果,寄生虫感染所致的胃肠炎需要使用抗寄生虫药物。