阴茎根部疼可能是外伤、毛囊炎、前列腺炎、尿道结石、精索静脉曲张等原因导致，可以通过物理疗法、药物治疗、手术治疗等方法治疗。
1、外伤：
如果阴茎根部受到挤压或撞击，会引发组织受损，使男性出现局部疼痛，还会伴有明显的肿胀。可以使用冰袋进行冰敷，能够促进血管收缩，等到24小时后用热毛巾热敷，能够使症状逐渐缓解。
2、毛囊炎：
不注意阴茎部位的卫生，会导致细菌侵入毛囊周围而引发病变，受到炎症刺激后会出现疼痛、丘疹、瘙痒等症状。可以遵从医嘱使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物治疗。
3、前列腺炎：
该疾病和病原体感染、性生活无规律有关，患病后会出现尿频、尿急以及排尿痛，还会因为炎症刺激而出现会阴部以及耻骨部疼痛，甚至会累及阴茎根部。可以在医生指导下服用阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊、盐酸环丙沙星片等药物治疗。
4、尿道结石：
通常是代谢异常以及尿路狭窄导致，结石在排出的过程中会刺激尿道，使男性感觉阴茎根部疼痛，并伴有排尿困难、尿血等症状。可以在医生操作下选择尿道外口切开取石术、经会阴尿道切开取石术等手术治疗。
5、精索静脉曲张：
如果出现静脉瓣功能不全或静脉回流障碍，会导致精索蔓状血管丛血液淤滞，使局部静脉扩张后出现阴囊肿大、疼痛，甚至会影响阴茎根部。可以遵从医嘱服用地奥司明片、七叶皂苷钠片、羟苯磺酸钙胶囊等药物治疗。
男性在平时要注意休息，不可以进行剧烈的运动，也要暂时禁止性生活。
