体质因素、感染因素和消化功能紊乱。
体质因素，一、婴儿胃肠道发育不够成熟，酶的活性较低，但营养需要相对的多，胃肠道负担重。二、婴儿时期神经、内分泌、循环系统及肝肾功能发育均未成熟，调节机能较差。三、婴儿免疫功能也不完善，血清大肠杆菌抗体滴度以出生至两周岁最低，以后渐升高，婴儿婴幼儿易患大肠杆菌肠炎，母乳中大肠杆菌抗体滴度高，特别是初乳中致病性大肠杆菌分泌性IgA高，所以母乳喂养儿较少发病，患病也较轻。四、婴儿体液分布和成人不同，细胞外液占比例较高，水分代谢旺盛，调节功能又差，较易发生体液电解质紊乱，婴儿易患佝偻病和营养不良，以致消化功能紊乱，此时肠道分泌型IgA不足，腹泻后易迁延。
感染因素分为消化道内与消化道外感染，以前者多见。消化道内感染致病微生物可随污染的食物和水进入小儿消化道，易发生人工喂养儿，喂哺时所用器皿和食物本身未经消毒和消毒不够也有感染的可能，病毒也可通过呼吸道和水源感染，其次是有成人带菌者的传染。消化道外感染，消化道外的器官组织受到感染也可引起腹泻，常见于中耳炎、肺炎感染和泌尿道感染、皮肤感染等，滥用抗生素导致肠道菌群紊乱，长期大量的应用抗生素，可使肠道菌群发生紊乱，导致腹泻的发生。
消化功能紊乱，因饮食因素不耐受碳水化合物、食物过敏、药物影响，都可以使消化功能紊乱引起腹泻。
