桥本甲状腺炎与甲状腺原恶性肿瘤共存或者是淋巴瘤可由桥本甲状腺炎恶变而来,也已得到公认。目前对桥本甲状腺炎和甲状腺癌的关系仍有争议,但在桥本甲状腺炎患者中甲状腺癌较高的检出率也提示了甲状腺炎有发展为甲状腺癌的潜在可能,与桥本甲状腺炎共存的甲状腺癌组织学类型以乳头状癌最为常见。

桥本甲状腺炎的患者也可以发现与滤泡状或者髓样癌共存,也有部分是演变为鳞状细胞癌,但是桥本甲状腺炎合并甲状腺癌病理诊断必须在同一病例中,有相关的病理学形态依据严格诊断,可疑的患者必须经过病理学的检查。

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