核酸检测的方法是指鼻拭子、咽拭子、取分泌物、取粪便、抽血检测等，核酸检测可以根据具体是何系统发生的感染来决定。一般上呼吸道感染鼻拭子检测、咽拭子检测都很准确，下呼吸道感染取下呼吸道分泌物检测，消化道感染可做肛拭子核酸检测，血液传播性疾病取血标本做核酸检测，所以目前没有最准确的核酸检测方法，一切依情况而定。
1、上呼吸道感染：发生上呼吸道感染，比如流感、新型冠状病毒感染，可以做呼吸道分泌物的检测，最常用的是咽拭子，通常口咽拭子或鼻咽拭子从口腔采集或从鼻腔采集咽喉部位的上皮细胞，检测细胞内是否有核酸或该部位的呼吸道分泌物，检测有没有新型冠状病毒核酸或流感核酸。
2、下呼吸道感染：对于重症病例还有可能采集下呼吸道的分泌物，比如深度诱导排痰或进行气管镜、取肺泡灌洗液做核酸检测。
3、消化道感染：部分新型冠状病毒肺炎患者表现为消化道症状，如呕吐、腹泻等可以做粪便的核酸检测，也可以做肛拭子的核酸检测，比如轮状病毒感染或诺如病毒感染通常取粪便或肛拭子。
4、血液传播疾病：比如乙肝、丙肝、艾滋病等一般是取血标本做核酸检测，一方面是评估病毒是否在复制，另一方面是用于评估治疗效果，如果进行抗病毒治疗后核酸的定量越来越低，一直到检测不到说明治疗有效。
核酸检测选择何种方式取决经何途径传播，取决于在何系统发生繁殖、复制，所以要根据不同的情况选择合适的检测方式。
