颅咽管瘤和垂体瘤，是两种最常见的颅内鞍区良性肿瘤，手术前明确区分有时是比较困难的，但由于发生来源不同二者还是有很多不同之处，且手术方式、术后反应及疗效是有很大区别的。
1、症状区别
颅咽管瘤和垂体瘤的症状有很多相似之处，但由于颅咽管瘤是先天性疾病，所以儿童多见；而成人垂体瘤多见，儿童极少患垂体瘤。总体来说垂体瘤的发病率明显高于颅咽管瘤，儿童型颅咽管瘤的主要表现为生长发育和性成熟迟缓，成人型颅咽管瘤的主要表现为垂体功能减退，表现为男性功能障碍、女性乏力食欲不振等。颅咽管瘤患者常有多饮多尿的表现及视力障碍。
而垂体腺瘤患者有不同内分泌功能者，可出现相关垂体激素分泌增多的症状如：①生长激素型表现为手脚逐渐粗大、鼻子及嘴唇肥厚，②泌乳素型表现为男性毛发稀少、皮肤细腻，女性为月经稀少或闭经泌乳，③促肾上腺皮质激素型表现为满月脸、水牛背，腹背部皮肤紫纹色斑，而有些无功能的垂体瘤只有当肿瘤长到一定大小后，才出现视力障碍和头痛等表现。
2、肿瘤生长部位上区别
由于二者起源部位不同，生长部位有所差异：颅咽管瘤起源于垂体柄周围胚胎发生过程中残存的扁平上皮细胞，大多数颅咽管瘤位于鞍膈上方，巨型颅咽管瘤往往侵犯视丘下部，甚至突入第三脑室及侧脑室，少数小颅咽管瘤位于鞍内或者鞍膈上下。而垂体瘤起源于腺垂体，多位于鞍内，大腺瘤可以突破鞍膈向鞍上生长或突破鞍底，进入蝶窦，甚至筛窦腔内，侵袭型垂体腺瘤，更可以侵犯两侧海绵窦，甚至包绕颈内动脉，有些可以破坏颅底骨质。
