临床上,大部分的肛瘘就是由于肛周脓肿引起的,因此内口多在齿状线上的肛窦处,脓肿自行破溃或者切开引流处形成外口,位于肛周皮肤。由于外口生长速度比较快,脓肿常常呈假性的愈合,导致脓肿反复发作,破溃或者切开,形成多个瘘管或者外口,使单纯性的肛瘘成为复杂性的肛瘘,肛瘘由反应性的致密纤维包绕,进管腔处为炎性肉芽组织,后期的时候腔内可以上皮化。
另外,肛周脓肿手术以后,也有一部分的患者会形成肛瘘。因此,许多的临床医生一般采用肛周脓肿切开引流术加上挂线术,这样可以使脓肿完全的敞开,引流更通畅,避免了二次的肛瘘手术治疗。术前要进行磁共振检查,以确定脓肿的部位以及内口的位置,这样能取得很好的临床效果。