三个月的宝宝睡觉老是摇头可能是因为室内温度过高、宝宝不舒服、湿疹、中耳炎、佝偻病等原因导致，疾病因素导致的需要及时就医治疗。
1、室内温度过高
如果室内温度过高，或者宝宝穿的过多，被子盖的过厚。可能会导致宝宝在睡觉时头部出汗较多，汗液会刺激到宝宝的头部皮肤，出现想要摇头擦干汗液的现象，建议将室内温度保持在大约24℃-26℃之间，这是婴儿适宜的生活温度。
2、宝宝不舒服
如果宝宝吃得过饱或者吃的不够，尿布没有及时更换，衣服过紧等情况下，可能会出现睡觉老是摇头等方式表达出不适。宝宝吃饱后，可适当增加其活动量，如轻轻按摩腹部，帮助消化。
3、湿疹
头部湿疹是一种过敏性湿疹疾病，会导致头皮剧烈瘙痒，宝宝可能会通过摇头来缓解瘙痒。可在医生指导下使用氧化锌软膏、地奈德乳膏、炉甘石洗剂等药物进行治疗，同时避免宝宝抓破患处以防继发感染。定期修剪宝宝的指甲，防止因瘙痒而抓破皮肤。可为宝宝戴上小手套，以减少抓挠行为。
4、中耳炎
中耳炎通常是由于细菌或病毒感染等原因引起，常伴随耳道分泌异物、耳部疼痛等症状，因此可能会导致三个月婴儿睡觉时老摇头的现象。可在医生的指导下通过使用头孢氨苄干混悬剂、小儿头孢呋辛酯颗粒、盐酸洛美沙星滴耳液等药物进行治疗。平时注意婴儿的耳部卫生，避免水进入耳内。如果不慎进水，应立即使用棉签轻轻吸出，但要避免过度掏挖耳朵，以免加重感染。
5、佝偻病
佝偻病可能因体内维生素D缺乏而导致神经兴奋性增高，出现易激怒的现象，宝宝可能通过摇头来表达这种不适，可以在医生的指导下服用维生素D滴剂、葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙D3颗粒等药物进行治疗，同时每天带宝宝到户外晒太阳，建议在上午9-10点和下午4-5点进行，每次10~15分钟，避免阳光直射眼睛，适当遮挡。
三个月婴儿睡觉时老摇头还可见于其他原因，建议立即前往医院就医，查明原因后在医生的指导下进行相应处理。
