宫颈癌疫苗的副作用有局部容易出现红、肿、热、痛，部分女性注射后会出现头晕、恶心、呕吐等症状，有的女性注射宫颈癌疫苗后出现头晕目眩、肌肉无力、肌肉麻痹等情况，最严重的是出现过敏性休克等。
接种部位出现红、肿、热、痛多是由于疫苗接种过程中，无菌操作不严格，导致局部组织出现轻微的感染现象而引起，一般持续两到三天会自行消失；出现头晕、恶心、呕吐一般是宫颈癌疫苗刺激胃肠道导致的胃肠道功能紊乱，持续三到五天症状一般会自行消失；出现头晕目眩、肌肉无力、肌肉麻痹可能是由于精神压力和外力挤压等，如果长时间得不到减轻应及时前往医院检查；而宫颈癌疫苗最严重的副作用是过敏性休克，患者会出现气管的痉挛发生呼吸困难，这是因为宫颈癌疫苗是一种特殊的蛋白质，如果患者体质特殊，对其过敏会导致体内释放大量的组胺，使支气管黏液分泌增加，因此患者在注射宫颈癌疫苗之后，需要在注射单位观察半小时再离开。
注射宫颈癌疫苗时建议避开月经期及排卵期等特殊的生理期，以免加重不适症状，接种宫颈癌疫苗后3天内不能洗澡，以免接种部位接触水分，从而加重局部不适症状。宫颈癌疫苗属于新研制出来的疫苗，虽然存在副作用，但是总体来说对女性宫颈癌的预防是比较有利的。
