三个月的宝宝睡觉扭来扭去可能是生理因素导致的，也有可能是病理因素造成的，比如缺钙、消化不良等。
1、生理因素：
如果三个月的宝宝在睡觉的时候拉了或尿了，就可能会导致屁股出现不适的情况，从而导致三个月的宝宝睡觉扭来扭去的现象，一般是一种正常的生理现象，一般家长只需要及时给三个月的宝宝更换纸尿裤就可得到缓解。
2、病理因素：
（1）缺钙：因为三个月的宝宝生长发育比较快，当体内的钙元素无法满足机体需求时就会导致三个月的宝宝大脑和神经处于兴奋状态，从而出现三个月的宝宝睡觉扭来扭去的现象的情况，同时并伴有睡眠不踏实、抖动、枕秃等。家长可以在医生的指导下给三个月的宝宝服用复方葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙D3颗粒等。
（2）消化不良：如果三个月的宝宝在睡觉前吃的奶量过多或腹部着凉就可能会引起消化不良的发生，三个月的宝宝通常会出现腹胀、腹痛、腹泻等症状，同时并伴有恶心、呕吐、便秘等，当三个月的宝宝腹部出现不适时就会引起三个月的宝宝睡觉扭来扭去的情况。家长可以在医生的指导下给三个月的宝宝服用婴儿健脾散、醒脾养儿颗粒等进行治疗。
在治疗期间可以给三个月的宝宝适当的多喝些温开水，对病情恢复可以起到很好的辅助作用。
