目前在医学水平上没有针对肾囊肿的特异性治疗。
对于小肾囊肿,不需要治疗,但应定期检查以确定囊肿是否继续增加。无症状患者应定期检查尿液,包括尿常规尿液培养,每半年至一年进行一次肾功能检查,包括内源性肌酐清除率。由于感染是疾病的重要原因,如果没有必要,不要进行尿路创伤试验。肾囊肿有很小的穿刺作用,不仅容易感染,而且容易复发,而且经过长期观察,这种手术不能延缓肾脏损害的发生。手术切除囊肿并不是一件容易的事,因为肾脏表面的囊肿可以切除,但切除埋在肾脏深处的囊肿是相当困难的。如果肿瘤大而且恶性,可以通过外科手术进行探查。如果确认为良性囊肿,则可以去除肾脏表面的壁,并且利用肠实质连续缝合边缘,并且用碘涂覆残留的壁。肾实质的一侧被广泛破坏,对侧肾功能正常,肾切除术是可行的。