直肠淋病的患者有一些仅有肛门分泌物较平时增多,轻度瘙痒的症状,这是无症状的亚临床感染阶段。淋菌性的直肠炎是直肠淋病严重而典型的表现。患者可以有潮红色黏膜,带有臭味的脓性分泌物,以隐窝处明显,直肠肛门部明显的瘙痒,刺痛,烧灼感,压迫感和充盈感,排便时可以加重。可以有里急后重的感觉,常有大量的分泌物从肛门流出,黄白色,有臭味,有的时候有血丝。也可以有腹泻,呈黏液脓血便,偶尔的会有血便。肛门部的皮肤糜烂,有裂口,患者可以感觉疼痛。
炎症严重的患者可以并发脓肿以至于生成瘘管。严重的淋病性的直肠炎在愈合的时候可以由于疤痕的形成和收缩,出现肛门和直肠的狭窄。全身有发热,乏力,纳差,头痛等症状。